Nació en Naguabo el 9 de marzo de1894. Fueron sus padres don Julián Flores y doña Eulalia Córdova de quienes heredó el gusto por la música y la composición. A la edad de 16 años obtuvo su licencia de maestro rural en la Escuela Superior de Fajardo.
Posteriormente se graduó de maestro especial de inglés en la Universidad de Puerto Rico y ejerció en los pueblos de Yabucoa y Humacao. Durante los años de la Primera Guerra Mundial fue reclutado por el ejército de los Estados Unidos sirviendo en el Regimiento 375 dedicado exclusivamente a miembros de la raza negra.

Al completar sus años en el servicio militar, Flores se desempeñó en un sinnúmero de actividades. Fue inpector de la Compañía Ferrocarilera de Puerto Rico, trabajó en el Negociado de Contribuciones Sobre Ingresos, colaboró con el líder obrero Santiago Iglesias Pantín y fue traductor oficial al inglés para el Municipio de San Juan y su entonces alcalde Roberto H. Todd.

Inconforme con las labores realizadas, se traslada a la ciudad de Nueva York donde trabajó en las más diversas labores. Establecido allí desde 1926 por espacio de tres décadas, Pedro Flores laboró como oficinaista de correos, pintor y obrero de la construcción.

Fue en Nueva York donde Pedro Flores conoció a Rafael Hernández. El naguabeño que nunca había ejercido estudios formales en música descubrió que era un músico y letrista natural. Así compuso sus primeros temas "Celos", "Adelita", "Contigo", Qué te pasa" y Blancas azucenas". Y ya en la década del 30 su música comenzó a ganar popularidad siendo sus primeros intérpretes Daniel Santos y Chencho Moraza.

En Nueva York formó el cuarteto Pedro Flores, por el cual pasaron desde Davilita hasta el cubano Antonio Machín, Panchito Risset, Pucho Lara, Daniel González, Chencho Moraza y Daniel Santos. En esta época Pedro Flores compone algunos de sus temas más famosos como fueron "Perdón", "Esperanza inútil", "Bajo un palmar", "Despedida" "Amor", "Cielo de Amor", "Margie" y "Querube", entre otras.

Pedro y su cuarteto recorren Latinoamérica, pasando largas temporadas en Cuba y México. Para la década del 50 el compositor decide radicarse definitivamente en Puerto Rico. Al fallecer el 13 de julio de 1979 en la ciudad de San Juan, Pedro Flores dejó un amplio legado de canciones en las que logró plasmar el sentir del pueblo y el gusto de la gente.